Diversa mención de las fuentes tres anexos separados al mainbuilding, dos de el cual, el Skevophylakion (el Hacienda) y el Baptisterion (el Baptistry) todavía están parados. El tercero era el Patriarchate, que fue construido a lo largo de la pared meridional de la iglesia. Ha seguido habiendo ningunas de sus ruinas.

El Hacienda, excavado recientemente por este autor, es un nordeste circular del edificio de Hagia Sophia. Los contrafuertes construidos alrededor de él lo han separado totalmente de la iglesia. Durante la era del otomano, una puerta fue agregada en el lado norteño para permitir su uso como depósito de las provisiones para la iglesia. Durante la era Byzantine, las reliquias sagradas fueron almacenadas y el pan y el vino santos fueron preparados aquí.

El Baptistry, en la derecha de la entrada principal de Hagia Sophia, era el baptistry más importante de Byzantium. El edificio es cuadrado en el el exterior y octagonal en el interior, y tiene un narthex en su lado occidental. Después de que la iglesia fuera convertida en una mezquita, el baptistry fue utilizado para almacenar los aceites para las lámparas del aceite (Kandil) de la mezquita. Más adelante, el envase de mármol colosal para el bautismal fue movido al patio norteño, y el baptistry fue convertido en un mausoleo. Enterraron al sultán Mustafa I y al sultán Ibrahim aquí.